Οδηγίες για την ορθή διαχείριση των αποβλήτων από τη χρήση των self-test δόθηκαν από τη γενική γραμματεία Συντονισμού Διαχείρισης Αποβλήτων, του υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας με αφορμή την έναρξη της μαζικής χρήσης των εν λόγω self-test από τους πολίτες.
Αν το τεστ είναι αρνητικό: Απορρίπτεται μαζί με τα λοιπά αστικά απόβλητα, δηλαδή τοποθετείται σε πλαστική σακούλα και απορρίπτεται στον κοινό κάδο απορριμμάτων (πράσινο ή γκρι κάδο).
Αν το τεστ είναι θετικό: Απορρίπτεται από κοινού με τα αναλώσιμα του ασθενούς, σε σακούλα καλά κλεισμένη η οποία τοποθετείται σε κλειστό κάδο εντός της οικίας και στη συνέχεια σε δεύτερη σακούλα, η οποία κλείνει το ίδιο σφιχτά, χωρίς να γεμίσει υπερβολικά για να αποφευχθεί τυχόν διάρρηξη αυτής και απορρίπτεται στον πράσινο ή γκρι κάδο.
Τα απόβλητα των self–test δεν τοποθετούνται στους ΜΠΛΕ ΚΑΔΟΥΣ ΑΝΑΚΥΚΛΩΣΗΣ και δεν απορρίπτονται στις αποχετεύσεις.